SIFO : qu’est-ce que la prolifération fongique de l’intestin grêle et que faire au quotidien ?

Ballonnements après chaque repas, éructations, digestion lourde, selles irrégulières… et des examens qui ne montrent rien. Parmi les pistes explorées aujourd’hui, il y en a une dont on parle de plus en plus : le SIFO, une présence excessive de levures, le plus souvent du genre Candida, dans l’intestin grêle.

Le sujet est porteur d’espoir, mais aussi de beaucoup de raccourcis. Cet article fait le point sur ce que la recherche établit, ce qu’elle ne sait pas encore, et quels repères d’hygiène de vie sont généralement recommandés pour la digestion.

Qu’est-ce que le SIFO ?

Le SIFO est défini comme la présence d’un nombre excessif de micro-organismes fongiques dans l’intestin grêle, associée à des symptômes digestifs. Il a été décrit chez des personnes dont le système immunitaire fonctionne normalement, et qui présentaient des troubles digestifs sans cause retrouvée par les examens habituels (endoscopie, imagerie) [2].

Les levures du genre Candida font partie de notre flore intestinale habituelle : on parle de mycobiote. Elles sont normalement présentes en petite quantité, en équilibre avec les bactéries et sous la surveillance du système immunitaire [9]. Le problème n’est donc pas leur présence, mais leur excès, au mauvais endroit : l’intestin grêle est normalement la partie la plus pauvre en micro-organismes du tube digestif.

Que sait-on de sa fréquence ? Dans une étude de référence menée par l’équipe du Dr Satish Rao sur 150 patients souffrant de troubles digestifs inexpliqués, 94 (63 %) présentaient une prolifération bactérienne et/ou fongique dans le liquide duodénal. Parmi eux, 24 (26 %) avaient un SIFO isolé et 32 (34 %) une forme mixte SIBO/SIFO. Les champignons retrouvés étaient des Candida [1].

Attention toutefois à la lecture de ces chiffres : il s’agit de patients sélectionnés, dans un centre spécialisé, avec des troubles déjà persistants. Cela ne dit rien de la fréquence réelle dans la population générale.

Pourquoi les levures prennent-elles le dessus ? Les mécanismes

Dans un intestin grêle en bonne santé, plusieurs barrières maintiennent une faible densité microbienne : l’acidité de l’estomac, la motricité de l’intestin, la valve iléo-caecale, les immunoglobulines sécrétées dans l’intestin, ainsi que les propriétés antibactériennes de la bile et des sécrétions pancréatiques [6]. Quand l’une de ces barrières faiblit, l’équilibre peut se rompre.

Deux facteurs ressortent particulièrement dans les travaux sur le SIFO :

• La dysmotilité de l’intestin grêle. Entre les repas, l’intestin déclenche des vagues de contractions (le complexe moteur migrant, phase III) qui balaient son contenu vers le côlon. Quand ce « nettoyage » est absent ou affaibli, les micro-organismes stagnent. Dans l’étude citée plus haut, la dysmotilité était un facteur de risque indépendant de prolifération (P = 0,0003) [1].
• La prise d’inhibiteurs de la pompe à protons (IPP). En réduisant l’acidité gastrique, ces médicaments diminuent une barrière naturelle. L’usage d’IPP était lui aussi un facteur de risque indépendant (P = 0,0063) [1].

D’autres circonstances sont citées dans la littérature : antibiothérapies prolongées, immunosuppression, déséquilibre du microbiote (dysbiose) [3]. Les habitudes alimentaires influencent aussi la composition du mycobiote [9], mais aucune étude solide n’a établi quel régime précis favorise ou prévient un SIFO.

Les symptômes : nombreux, mais non spécifiques

Les plaintes les plus souvent rapportées sont les éructations, les ballonnements, la dyspepsie (digestion difficile), les nausées, la diarrhée et les gaz [2]. Le SIFO peut aussi coexister avec un SIBO, ce qui rend le tableau encore plus difficile à lire [3].

Point important : dans l’étude de Jacobs et coll., les profils de symptômes étaient similaires avec ou sans prolifération. Autrement dit, les symptômes seuls ne permettent pas de savoir s’il y a un SIFO [1]. Se reconnaître dans cette liste ne vaut pas diagnostic.

Le diagnostic : ce qui est établi, et ce qui est débattu

À ce jour, le diagnostic repose sur la culture fongique d’un prélèvement du liquide de l’intestin grêle, obtenu lors d’une endoscopie. Il n’existe pas de protocole standardisé [3]. Ce n’est pas un examen de routine, et il n’est pas disponible partout.

Les tests respiratoires (hydrogène, méthane) populaires pour le SIBO ont été conçus pour explorer les bactéries, pas les levures. Et même pour le SIBO, leur fiabilité fait débat : certains gastro-entérologues estiment que le diagnostic de SIBO est posé trop souvent à partir de ces tests [4] [5]. Cette prudence vaut a fortiori pour le SIFO, concept plus récent et moins étudié.

Concrètement : méfiez-vous des « tests » vendus en ligne qui prétendent mesurer une « candidose intestinale » à partir d’un échantillon de selles ou d’urine. Ils ne remplacent pas une démarche médicale.

Que faire au quotidien ? Ce que dit la science et les repères d’hygiène de vie

Les repères ci-dessous sont d’ordre général. Ils ne constituent ni un diagnostic ni un traitement, et ne s’adressent à aucune situation individuelle. Je ne pose pas de diagnostic et je ne prescris pas de traitement. Ces repères complètent un suivi médical, jamais ne le remplacent.

1. Faire le point avec votre médecin

Si les symptômes durent, le premier réflexe est médical : éliminer d’autres causes, faire le point sur vos traitements avec votre médecin (ne modifiez ni n’arrêtez aucun médicament sans son avis), et décider si une exploration est utile. D’après la littérature, lorsqu’un SIFO est retenu, un traitement antifongique de 2 à 3 semaines est proposé. Il faut toutefois savoir que les preuves d’éradication et de bénéfice durable restent insuffisantes [2].

2. Une alimentation de vrais aliments

Les levures utilisent les sucres comme substrat. Il est donc logique, à titre général, de limiter les sucres rapides, les boissons sucrées et les produits ultra-transformés. Soyons honnêtes : ce repère est extrapolé à partir de la physiologie et des travaux sur le SIBO [8]. Aucun essai contrôlé n’a testé un régime précis dans le SIFO. À titre général, une alimentation à base de vrais aliments (protéines, légumes, bonnes graisses) reste un repère raisonnable, chacun la tolère différemment. Un régime très restrictif prolongé n’est pas conseillé sans accompagnement.

3. Laisser l’intestin « nettoyer » entre les repas

Le complexe moteur migrant ne se déclenche qu’à jeun : le grignotage permanent l’interrompt. Espacer les repas de 4 à 5 heures, sans collation continuelle, est un repère simple qui peut soutenir la motricité de l’intestin grêle. Là encore, il s’agit d’une logique physiologique plausible et non d’un résultat démontré dans le SIFO.

4. Les compléments alimentaires et les plantes

Vous entendrez parler de nombreux compléments et de plantes présentés comme utiles en cas de « candidose ». À ma connaissance, aucune donnée humaine solide ne permet de les recommander dans le SIFO, et un complément ne soigne pas une infection fongique. Certains sont déconseillés selon le contexte (médicaments, immunité, grossesse). Avant toute prise, demandez l’avis de votre médecin ou de votre pharmacien.

En consultation de naturopathie, le travail porte sur l’hygiène de vie (alimentation, sommeil, gestion du stress), pas sur le traitement d’une infection.

5. Le stress, le sommeil, la respiration

L’intestin est piloté par le système nerveux autonome. Un sommeil régulier, de la lumière naturelle le matin et un travail sur la respiration peuvent contribuer à de meilleures conditions de digestion. Ce ne sont pas des « traitements du SIFO ».

Quand consulter sans attendre ?

Parlez-en rapidement à un médecin en cas de perte de poids inexpliquée, de sang dans les selles, de fièvre, de douleurs intenses ou nocturnes, de vomissements répétés, ou si vous avez un traitement immunosuppresseur ou une maladie qui fragilise vos défenses. Dans ces situations, l’automédication n’a pas sa place.

Le Protocole Nutritik 90 jours : un cadre d’hygiène de vie

Soyons précis : le Protocole Nutritik 90 jours est un programme d’hygiène de vie pour adultes en bonne santé (un avis médical préalable est demandé selon le profil). Il ne traite ni ne prévient le SIFO, ni aucune maladie digestive. Il propose un cadre de 12 semaines, progressif et mesurable, pour structurer des habitudes de vie :

• une alimentation centrée sur de vrais aliments, avec une exclusion progressive des céréales et des légumineuses à partir de la semaine 5, puis une réintroduction guidée à la semaine 9 pour observer vos réactions ;
• un mouvement adapté (renforcement aux bandes élastiques, marche) ;
• un travail respiratoire progressif (méthode Buteyko) ;
• des repères de sommeil et de lumière du matin.

Si vous cherchez un cadre pour reprendre la main sur vos habitudes de vie, vous le trouverez ici : nutritik.com/protocole

Sources

1. Jacobs C, Coss Adame E, Attaluri A, Valestin J, Rao SSC. Dysmotility and proton pump inhibitor use are independent risk factors for small intestinal bacterial and/or fungal overgrowth. Aliment Pharmacol Ther. 2013;37(11):1103-11. doi:10.1111/apt.12304
2. Erdogan A, Rao SSC. Small intestinal fungal overgrowth. Curr Gastroenterol Rep. 2015;17(4):16. doi:10.1007/s11894-015-0436-2
3. Soliman N, Kruithoff C, San Valentin EM, et al. Small intestinal bacterial and fungal overgrowth: health implications and management perspectives. Nutrients. 2025;17(8):1365. doi:10.3390/nu17081365
4. Bushyhead D, Quigley EMM. Small intestinal bacterial overgrowth: pathophysiology and its implications for definition and management. Gastroenterology. 2022;163(3):593-607. doi:10.1053/j.gastro.2022.04.002
5. Suárez Terán J, Guarner Aguilar F. Small intestinal bacterial overgrowth (SIBO), a clinically overdiagnosed entity? Gastroenterol Hepatol. 2024;47(9):502190. doi:10.1016/j.gastrohep.2024.502190
6. Bures J, Cyrany J, Kohoutova D, et al. Small intestinal bacterial overgrowth syndrome. World J Gastroenterol. 2010;16(24):2978-90. doi:10.3748/wjg.v16.i24.2978
7. Rao SSC, Bhagatwala J. Small intestinal bacterial overgrowth: clinical features and therapeutic management. Clin Transl Gastroenterol. 2019;10(10):e00078. doi:10.14309/ctg.0000000000000078
8. Velasco-Aburto S, Llama-Palacios A, Sánchez MC, Ciudad MJ, Collado L. Nutritional approach to small intestinal bacterial overgrowth: a narrative review. Nutrients. 2025;17(9):1410. doi:10.3390/nu17091410
9. Shankar J. Food habit associated mycobiota composition and their impact on human health. Front Nutr. 2021;8:773577. doi:10.3389/fnut.2021.773577

Cet article a une visée éducative. Il ne constitue ni un diagnostic, ni une prescription, ni une promesse de résultat, et ne remplace pas l’avis d’un médecin. Crédit photo : Ella Olsson, Unsplash.